全国代表大会是本会最高权力机构。13州会员可各派出10名代表出席大会，并从中选出不超过45名中央委员，各州会长或主席则为当然中委。

在会员大会中，出席代表将从13州会长中选出会长一位，署理会长一位及副会长六位（其中一位必须来自东马），并从代表中另选21名中委。青年团团长及妇女部主席将自动成为中委。

中委会之下将设有常务委员会，以负责执行日常会务。在中委会及常务委员会之下，另设有妇女部、青年团文、化委员会、华总-全国华团文化谘询委员会、文化总基金委员会、教育总基金委员会、教育及人力资源委员会、财务委员会、出版委员会、经济研究委员会、策略研究委员会、社会事务委员会等以推动各项活动。

此外，华总目前设立的各项文化基金有全国华团文化基金，华总-忠智出版基金、华总-富年文化基金及华总-德麟文化基金；教育基金则有Carlsberg-华总电脑教育基金、华总-富贵集团教育基金、 华总-友仁教育基金、华总-广东义山教育基金及ASTRO-华总传薪基金，以资助有关文化教育的工作。